Como navegar
Como você viu até aqui a Deep Web não é uma rede comum. É preciso ferramentas mais elaboradas para navegar pelos seus links e descriptografar o conteúdo de suas páginas. Além da dificuldade de acesso, é imprescindível que seja mantida a segurança do navegante que pode sofrer ameaças ainda mais complexas e diretas do que se estivesse navegando na surface da web.
Para começar sua jornada é necessário baixar um navegador específico. Existem dois softwares principais para se conectar: Tor e Freenet.

Tor usa a cebola como logo, representando seu Onion Routing.
O primeiro garante uma navegação mais simples, utilizando-se do navegador Firefox como intermediador no acesso aos sites. Além de cuidar da criptografia do conteúdo e links ele também oferece anonimidade ao usuário escondendo seu endereço IP dos outros navegantes. Outra vantagem desse programa é a variedade de buscadores que podem ser utilizados. A seção Dicas dessa edição traz tutoriais de instalação dessa ferramenta para Linux e Windows. Com Tor é possível também acessar os sites corriqueiros da web e ainda serve para furar a proteção de serviços de proxy de instituições.
Freenet
Diferente do Tor, o Freenet possibilita a comunicação entre usuários da Deep Web o que faz a noção de anonimidade ser totalmente subjetiva. Com auxilio do navegador Chrome, esse programa oferece uma conexão ponto a ponto (peer to peer) entre dois nós da rede e permite sigilo na comunicação entre eles. Esse programa oferece serviços mais complexos e menos opções de buscadores que o Tor e está entre os menos utilizados para navegação na Deep Web.
Existe uma terceira e mais nova maneira de se acessar ao conteúdo sem instalar qualquer tipo de software ou plugin. Para tal, deve-se trocar a extensão .onion dos sites ocultos por .tor2web. Essa facilidade se deve a um projeto do mesmo grupo criador do Tor, porém, como dito no próprio site do projeto esse tipo de acesso a Deep Web protege apenas quem publica e não os leitores do conteúdo.